La criptozoologia non gode (e mai ne ha goduto sin dalla sua nascita) di stima e di buona reputazione negli ambienti colti della scienza che potremmo definire tradizionale; questa materia abbastanza giovane pretende di essere ascoltata, se non altro perché si basa su di un concetto che sembrerebbe semplicistico ma che in realtà racchiude un ragionamento sofisticato e purtroppo non preso in considerazione: tutte le specie animali scoperte e conosciute sulla Terra non sono le uniche ad abitarla. Quando questa riflessione, come abbiamo già detto, fu portata a conoscenza di tutti nella pubblicazione sull'Interdisciplinary Journal of the International Society of Cryptozoologyin del 1982 dal titolo: "che cos'è la criptozoologia?" creò scompiglio nel mondo accademico. In realtà la Criptozoologia esisteva già da 3 decenni, almeno in una versione teorica; anche se il termine “Criptozoologia” fu coniato dallo zoologo belga Bernard Heuvelmans negli anni Cinquanta.

Oggi la Criptozoologia è considerata più una “pseudoscienza” che una vera e propria disciplina validamente riconosciuta in ambito scientifico. Una pseudoscienza si avvale di metodi non tradizionali per tentare di spiegare eventi e fenomeni naturali, differenti dal metodo scientifico (o metodo sperimentale), che fonda la scienza. Per tale motivo viene aggiunto il prefisso "pseudo", che significa "finto", in quanto una pseudoscienza nulla ha da condividere con la scienza. Esempi di pseudoscienze sono l'astrologia, la grafologia e alcune pratiche di medicina alternativa. E' in effetti vero che nel corso degli anni la criptozoologia ha avuto "problemi d'immagine" spesso imbarazzanti. L'interesse generale verso gli argomenti più strani ed esoterici ha fatto sì che, in mano ad esperti autoproclamatisi tali, gli "animali nascosti" siano stati spesso associati agli UFO e ai fantasmi in numerosi libri, documentari televisivi e siti internet "ad effetto". Inoltre la necessità di intrattenere e di stupire è stata la causa per la quale i criptidi più conosciuti dal "grande pubblico" e trattati dai Media siano purtroppo anche quelli meno credibili da un punto di vista biologico, cosicché la maggior parte delle persone che ha sentito parlare di criptozoologia associa immediatamente questo termine al mostro di Loch Ness, al Mokele-Mbembe (presunto dinosauro sauropode africano) o al Bigfoot. Nonostante questo è possibile affermare che la criptozoologia è una SCIENZA; esistono di fatto elementi fondamentali che permettono di discostare la criptozoologia dalle pseudoscienze.

• l'inventario faunistico del nostro Pianeta non è ancora completo.
• ancora oggi si continuano a scoprire animali di grandi dimensioni (anche se come precedentemente spiegato le dimensioni non sono importanti in criptozoologia) sino a quel momento sconosciuti alla scienza.
• questi animali rappresentano una scoperta per gli zoologi, ma non per i nativi delle regioni dove sono stati scoperti.
• la loro scoperta si prolunga per anni, decadi o perfino secoli dalla data delle prime informazioni che li riguardano (il primo accenno agli scimpanzé giganti di Bili risale al 1800, la loro effettiva scoperta è avvenuta nel 2004).
• il loro identikit e affinità zoologiche sarebbero potuti essere stati compilati molto tempo prima della loro scoperta ufficiale.
• La criptozoologia promulga tesi verificabili: i criptozoologi utilizzano da decadi fonti bibliografiche, riferimenti citati, metodi di investigazione, analisi biologiche, etc.
• La criptozoologia poggia su altre discipline: l'indagine criptozoologica è interdisciplinare poiché fa uso della zoologia, ma anche della paleontologia, anatomia, etologia, ecologia, tassonomia, psicologia, archeologia, linguistica, etc.
• La criptozoologia è orientata sul principio dell'economia delle ipotesi: non contraddice le leggi della fisica, al contrario della psicocinesi o della levitazione, poiché l'esistenza di specie e sottospecie animali che non sono state ancora ufficialmente descritte è continuamente confermata da nuove scoperte.

La criptozoologia può essere definita scienza anche seguendo i principi che delineano una prova scientifica di tipo giuridico. Esistono tre tipi di prove su cui si basa ogni inchiesta legale:

1. Prove autoptiche: sono quelle oggettivamente "visibili al mondo intero", il cadavere di un animale sconosciuto od una sua foto o filmato inequivocabile per quanto riguarda la criptozoologia, od il video del criminale nell'atto del reato (videocamere di sorveglianza) per quanto concerne un crimine. Questo tipo di prova è quello più raro, di fatto la maggior parte delle inchieste giudiziare si basa sulla plausibilità piuttosto che sulla certezza. Persino in zoologia esistono casi, specialmente in campo cetologico ed ornitologico, di animali la cui unica documentazione si basa su avvistamenti di ricercatori considerati autorevoli.
2. Prove circostanziali: molto più comuni delle precedenti, si tratta fondamentalmente di "indizi concomitanti". Impronte lasciate sul terreno, predazioni, tracce di peli, squame, piume (da una penna che ornava un souvenir comprato in Africa dallo zoologo Herbert Lang nel 1913, si risalì all'esistenza di una specie sconosciuta di pavone, ufficialmente scoperta e descritta 23 anni dopo con il nome di Afropavo congensis), o registrazioni di richiami (partendo dai quali sono state individuate ad esempio nuove specie di lemuri in Madagascar) possono essere viste come la scoperta del cadavere, dell'arma del delitto o di frammenti di pelle sotto le unghie della vittima in un caso di omicidio.
3. Prove testimoniali: sono quelle più largamente diffuse, ma anche (nella maggior parte dei casi) le più imprecise e "stigmatizzate", in quanto gli studi di Psicologia Sperimentale hanno dimostrato l'inaffidabilità della memoria umana e del sistema cognitivo durante l'immagazzinamento dei dati. Così come accade per la testimonianza di un reato, anche per quanto concerne l'avvistamento di un animale apparentemente sconosciuto è assolutamente indispensabile un vaglio rigorosissimo.