Gerberto era anche il massimo esperto di musica e di arte organaria del secolo X: l’attribuzione a lui del trattato de Mensura fistularum è stata provata solo nel 1970, ma ancor oggi questo concetto non è ancora entrato nei manuali di storia della musica. La costruzione di diversi organi fu attribuita a lui. La prova dell’attribuzione a Gerberto del de Mensura fistularum viene da Klaus Jurgen Sachs che ha trovato nella biblioteca di Madrid un manoscritto più antico di quello presente nella biblioteca Vaticana. Nel manoscritto della biblioteca Vaticana l’opera era attribuita a Bernellino, e così era stata pubblicata da Gerbert Martin nel 1784 nel suo Scriptores Ecclesiastici de Musica Sacra. Nel manoscritto di Madrid l’attribuzione è a Gerberto, che era stato riconosciuto come esperto senza eguali in musica e organo anche da Papa Giovanni XIII oltre che dai suoi allievi che lo continuano ad interpellare in questioni di musica teoriche e pratiche. Anche alla corte di Ottone III, nella cappella imperiale, Gerberto si occupò di musica.